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壳寡糖可以改变土壤菌群, 促进有益微生物的生长，壳寡糖还可诱导植物的抗病性, 对多种真菌、细菌和病毒产生免疫和杀灭作用，对小麦花叶病、棉花黄萎病、水稻稻瘟病、番茄晚疫病等病害具有良好的防治作用，可以开发为生物农药、生长调节剂和肥料等。
壳寡糖具有明显的保湿，活化机体细胞，阻止皮肤粗糙和老化，抑制皮肤表面有害菌滋生、抑菌抗皮肤病和吸收紫外线功能等功效，可以应用在保湿、抗皱、防晒等类型的护肤品中；壳寡糖还具保持头发表面的成膜通透性，湿润易梳理，并能抗静电、防灰尘、止痒去头屑，应用于护发用品中。
壳寡糖利用其抗菌作用，预防或治疗由金黄色葡萄球菌、大肠埃希杆菌、放线杆菌、突变链球菌等细菌引起的动物疾病；利用壳寡糖促进伤口愈合的功能，可用于动物外伤或骨折的辅助治疗；因为其具有降血脂的作用，还可用于宠物肥胖症的治疗；由于羧甲基壳寡糖对铁离子、锌离子和钙离子等均有良好的络合能力，有望制成新的天然补铁剂、补锌剂和补钙剂。
壳寡糖对人体的免疫调节、抗肿瘤、降血脂、调节血糖、改善肝脏和心肺功能及其他多种生理功能有着重要作用。
壳寡糖是自然界中唯一带正电荷阳离子碱性氨基低聚糖，是动物性纤维素。壳寡糖是由来源于虾蟹壳的壳聚糖降解成的带有氨基的小分子寡糖，是聚合度2-20的糖链。
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