腹泻除影响婴幼儿对食物中营养物质的吸收外，还消耗体内储存的营养物质，损害某些机体组织。这是因为在腹泻过程中，本来应该消化吸收的营养物质不能进入机体，但机体内各器官还需照常进行各项生理功能。如长期慢性腹泻就会造成营养不良，使患儿身体瘦弱，抵抗力降低，容易感染各种疾病。这不仅影响婴幼儿的正常生长发育，还会引起并发症。
常见的并发症有：
营养不良及维生素缺乏症
腹泻病程较长，如禁食时间过久或长期热量不足，常可引起营养不良和各种维生素缺乏症。消化不良与营养不良可互为因果，往往造成恶性循环，导致不良后果。维生素a缺乏可引起干眼症及角膜软化症;维生素d缺乏可引起手足抽搐症。
感染
常见有中耳炎、口角炎、上呼吸道感染、支气管炎、肺炎、疖肿、败血症、泌尿道感染及静脉炎等。各种感染可能成为腹泻的病因，但也有在腹泻之后，由于全身抵抗力降低而继发感染。迁延性腹泻或原有营养不良病儿，容易并发真菌感染，如鹅口疮、真菌性肠炎，甚至引起全身性真菌病。
中毒性肝炎
重型腹泻可能出现黄疸，常见于营养不良及重症败血症病儿，预后不良，故中毒性肝炎是腹泻的严重并发症之一。
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