葛根芩连汤治疗腹泻的病位在肠道，病性属于热证，是由湿热导致大肠传导功能失常引起的。临床上主要表现为身体发热和腹泻。治疗的关键在于清除肠道内的湿热，恢复大肠的正常传导功能。
在选用葛根芩连汤治疗腹泻时，关键是要抓住湿热两个要点。热的表现主要包括发热、口渴、大便后肛门灼热，小便发黄等症状；湿的表现相对抽象，主要表现为大便黏腻不爽、排便不尽感、大便中有白色脓样物、食欲不振、舌苔厚等。如果符合这些症状，可以认为是湿热引起的腹泻。
腹泻、伴有发热、舌苔黄、脉数是治疗要点。
中医认为，体内湿热盛行会导致腹泻；清阳下陷，清浊不分也会引起腹泻。葛根芩连汤中葛根用量最大，具有解肌退热、升发脾胃清阳之气止泻的作用；黄芩、黄连具有清热燥湿止泻的功效；甘草则具有缓和中焦、协调诸药的作用。这些药物相互配伍，共同构成清热止泻的方剂。
对于伴有腹痛的患者，可以酌情加入木香、芍药等药物调气和血；对于下痢赤白、里急后重的患者，可以酌加木香、槟榔、马齿苋等药物。
除了汤剂外，市面上还有片剂、胶囊剂、颗粒剂、微丸剂、口服液等中成药可供选择，按照说明书服用即可。儿童服用时剂量应适当减少。
葛根黄芩黄连汤适用于身体发热腹泻的情况。对于属于虚寒证的患者（腹泻但不发热、脉沉迟或微弱），不宜使用该方剂。
需要注意的是，葛根芩连汤在腹泻早期使用效果较好。相反，如果患者腹泻时间较长，腹部怕冷，或者摄入稍凉食物即出现腹泻，这些情况都不适合使用该方剂。在发病期间，应坚持清淡、易消化的饮食，以免加重肠胃负担。对于腹泻明显的患者，还应多喝糖盐水。
